เรื่องราวของ Transformer ภาคนี้ เป็นเรื่องราวเิริ่มต้นของเหตุการณ์การล่มสลายของดาว Cybertron ดาวบ้านเกิดของเหล่า Transformer เนื่องด้วยความโหยหาอำนาจของ Megatron ผู้นำเหล่า Decepticon ที่ต้องการหยุดสงครามใหญ่อันยืดเยื้อยาวนานกับเหล่า Autobot หวังเผด็จศึกโดยการควบคุมพลังต้องห้าม Dark Energon ทำให้เล่า Autobot ต้องเข้าไปขัดขวาง จนนำไปสู่ความหายนะของ Cybertron ในที่สุดโหมดเนื้อเรื่องจะเป็นการเล่าเรื่องผ่านมุมมองของ Decepticon 5 บท และของ Autobot อีก...
